抗菌薬耐性乳酸菌製剤は、抗菌薬により腸内細菌バランスが破壊されることによる、諸症状を予防するために、抗菌薬と併用されることが多々ある。
しかし、全ての抗菌薬に耐性を獲得しているのではなく、それぞれの製剤で適応が異なる。
ビオフェルミンR・エンテロノンR・レベミンの適応抗菌薬
・ペニシリン系
・セファロスポリン系（セフェム系）
・アミノグリコシド系
・マクロライド系
・テトラサイクリン系
・ナリジクス酸
ラックビーRの適応抗菌薬
・ペニシリン系
・セファロスポリン系（セフェム系）
・アミノグリコシド系
・マクロライド系
・ナリジクス酸
＊ニューキノロン系との併用は？
耐性乳酸菌製剤には、ニューキノロン系抗菌薬に対して耐性を獲得しているものはない。
一方、酪酸菌（ミヤBM）は芽胞を形成するため、ニューキノロン系を含めた抗菌薬の影響を受けにくいと考えられ、耐性乳酸菌製剤が臨床的に無効の場合にミヤBMが使用されることがある。
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